A grande bacia hidrográfica do país é a do Nilo, cujo curso total, com 6 696 km de extensão, é único a atravessar os desertos do NE africano até atingir o Mediterrâneo. A região do vale do Nilo, situada ao sul de Assuão, é quase desértica. A partir de Assuão, onde se localizam a primeira catarata e a grande represa do mesmo nome, o rio corre num leito estreito (2 a 10 km de largura), atingido sua largura máxima em Kom-Ombo (15Km). Nessa região, o vale é ladeado por uma cadeia de colinas rochosas com altitude média de 300 m. A 5 km ao norte do Cairo, o rio divide-se em dois braços principais, formando um dos deltas mais férteis do mundo.