Iniciou a carreira de treinador em 2001, no Racing Santander, onde permaneceu durante uma temporada. Comandou ainda o Poli Ejido, o Logroñés e o Lugo, além da Seleção da Guiné Equatorial, entre 2006 e 2007.

Após fazer duas boas temporadas pelo Las Palmas, foi anunciado como técnico do Betis, onde também permaneceu por duas temporadas. Entretanto, no dia 19 de maio, foi anunciada a sua saída do clube.

No dia 13 de janeiro de 2020 foi anunciado como novo técnico do Barcelona, assinando até junho de 2022.